海上自衛隊では日章旗と自衛艦旗の2種類を使っています。ただ、国旗=国籍旗で、別に軍艦旗があるのが万国共通というワケではなさそう。加えて歴史的につながりの深い国どうしで似たデザインの旗を採用していることもあるようです。